กลุ่มงานวิจัยและนวัตกรรม ประกอบด้วยศูนย์ต่างๆทั้งหมด 3 ศูนย์คือ

1. ศูนย์วิจัยความเป็นเลิศระบบนำส่งยา

2. ศูนย์วิจัยยาสมุนไพรและเทคโนโลยีชีวภาพทางเภสัชกรรม

3. ศูนย์บริการปฏิบัติการทางเภสัชศาสตร์

กลุ่มงานบริหารคณะประกอบด้วยงานย่อย 4 งานคือ

1. งานพัฒนาองค์กร
2. งานจัดการศึกษาและพัฒนานักศึกษา
3. งานส่งเสริมงานวิจัย นวัตกรรมและพันธกิจเพื่อสังคม
4. งานบริหารกลาง

งานพัฒนาองค์กร ประกอบด้วยหน่วยงานย่อย 3 หน่วยงานคือ

1. หน่วยนโยบายและพัฒนาองค์กร

2. หน่วยบริหารทรัพยากรบุคคล

3. หน่วยเทคโนโลยีสารสนเทศ

ศูนย์บริการผลิตและควบคุมคุณภาพเภสัชภัณฑ์

        ศูนย์บริการผลิตและควบคุมคุณภาพเภสัชภัณฑ์ เดิมได้จัดตั้งเป็น “หน่วยเครื่องมือกลาง” ประจำคณะเภสัชศาสตร์ ตั้งแต่วันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2534 โดยมติที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะเภสัชศาสตร์ ครั้งที่ 9/2534 เพื่อเป็นหน่วยงานเฉพาะในคณะเภสัชศาสตร์ โดยอยู่ภายใต้การดูแลของฝ่ายวิจัยและบริการ เพื่อตอบสนองความต้องการของหน่วยงานต่าง ๆ ในคณะ ทำหน้าที่จัดหา รวบรวม ดูแลรักษา ให้บริการในการใช้เครื่องมือวิทยาศาสตร์ร่วมกัน เพื่อให้เกิดประสิทธิผลในด้านการเรียนการสอนและการวิจัยของคณะเภสัชศาสตร์และมหาวิทยาลัยสงขลา- นครินทร์ ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 “หน่วยเครื่องมือกลาง” ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ศูนย์บริการปฏิบัติการทางเภสัชศาสตร์” โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้บริการวิชาการด้านปฏิบัติการทางเภสัชศาสตร์ แก่หน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐและเอกชน เพิ่มประสิทธิภาพการเรียนการสอน การทำวิจัย และการพัฒนาเชิงวิชาการ เพื่อรองรับการพัฒนาความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการแก้ปัญหาและพัฒนาระดับท้องถิ่นและประเทศ

งานจัดการศึกษาและพัฒนานักศึกษา ประกอบด้วยหน่วยงาน 3 หน่วยงานคือ

1. หน่วยบริการการศึกษา

2. หน่วยพัฒนานักศึกษา

3. หน่วยฝึกปฏิบัติงาน

งานบริหารกลาง ประกอบด้วยหน่วยงาน 3 หน่วยงานคือ

1. หน่วยคลังและพัสดุ

2. หน่วยธุรการและสารบรรณ

3. หน่วยอาคารสถานที่และยานพาหนะ     

งานส่งเสริมงานวิจัย นวัตกรรมและพันธกิจเพื่อสังคม ประกอบด้วยหน่วยงาน 3 หน่วยงานคือ

1. หน่วยส่งเสริมการวิจัยและนวัตกรรม

2. หน่วยองค์กรสัมพันธ์

3. หน่วยบริการวิชาชีพและการศึกษาต่อเนื่อง 

กลุ่มงานพันธกิจเพื่อสังคม ประกอบด้วยหน่วยงานย่อย 3 หน่วยงานคือ

1. ศูนย์สมุนไพรทักษิณ

2. สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน

3. สถานที่ผลิตสมุนไพรและเครื่องสำอาง 

        คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้จัดตั้ง สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน “ร้านยาเภสัชฯ ม.อ.” ในปี พ.ศ. 2528 เป็นหน่วยงานที่ได้จัดตั้งขึ้นเป็นการภายใน เพื่อสนับสนุนการเรียนการสอนวิชาเภสัชกรรมชุมชน เปิดทำการครั้งแรกที่อาคารเรียนภาควิชาเภสัชอุตสาหกรรม ชั้นที่ 1 อาคาร 2 คณะเภสัชศาสตร์ โดยเป็นการจำลองรูปแบบร้านขายยาเล็ก ๆ และย้ายมาสถานที่ปัจจุบัน ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2531

        ร้านยาเภสัชฯ มอ. ได้รับการรับรองให้เป็น “ร้านยาคุณภาพ” ด้านมาตรฐานการให้ “บริการด้านยาและสุขภาพที่ดี มีคุณภาพ” ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545-ปัจจุบัน โดยมีการพัฒนามาตรฐานด้านต่าง ๆ มากกว่าเกณฑ์ที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยากำหนดในกฎหมาย มีการบริการที่แตกต่างจากร้านขายยาทั่วไป เป็นบริการที่ไม่ได้มุ่งเน้นเฉพาะการขายยา แต่เป็นบริการแบบวิชาชีพที่บริการทั้งในส่วนของผลิตภัณฑ์ (Product service) และในส่วนของบริการข้อมูลและข้อแนะนำ (information service) ส่งผลให้เกิดการใช้ยาที่เหมาะสมในชุมชน